近年来，随着经济全球化和贸易自由化进程的加快，关税逐渐降低，但以技术法规、技术标准、认证制度等为主要内容的非关税贸易壁垒凸现出来，成为最普遍、最难以应对的贸易壁垒。 
　　技术壁垒 
　　技术性贸易壁垒变得更加复杂和隐蔽，现已经成为我国水产品出口面临的第一大非关税贸易壁垒。2001年以来欧盟对我国动物源产品进口设限，美、日、韩等国的商家也拼命压价，导致我国水产品出口十分困难。国内企业为保住客户，只有降低产品出口价格，致使利润大幅下降；同时国内相关企业又怕价格放得过低，引起对方国家反倾销制裁，有时被迫放弃到手的订单。 
　　绿色壁垒 
　　绿色壁垒从本质上说应该是技术性贸易壁垒的一种，它主要是以保护环境和保证人类健康为理由，比其他技术性壁垒更具隐蔽性。在保护环境的名义下，通过立法手段，制定发展中国家很难达到的强制性技术标准，限制商品进口，尤其是生态标签问题，将会成为发展中国家一个重要的并短期内难以逾越的“绿色壁垒”。我国外贸企业为了获得国外的“绿色通行证”，一方面要花费大量与生产无关的费用，另一方面还要支付不菲的认证申请费和标志使用费。 
　　数字壁垒 
　　又叫信息技术壁垒，是指与贸易有关的信息表述同进口国的表述不衔接，不符合进口国的要求，造成贸易上的信息技术壁垒，如进口方采取网上通告、网上订购、网上支付、网上交易等贸易方式，而我国大部分水产品出口企业仍采取传统的贸易方式。 
　　水产业以电子商务的形式出现和电子商务的普及应用应该是一个必然的发展趋势。但目前国内的水产网站大多数处在起步阶段，尤其是在网络的应用上，中小企业基本处于应付阶段，由于网络普及的差距形成了“数字壁垒”。 
　　装备壁垒 
　　出口水产品质量不高、药物残留超标和反倾销等问题，已经成为制约我国扩大水产品出口的重要因素。我国质检部门现有的技术状况及能力同一些发达国家的检测水平相比，还有比较大的差距，如美国、加拿大和欧盟对对虾和小龙虾中氯霉素含量的测试能达到0．3PPb（即百亿分之三）的水平，而我们现在还做不到。由于我们的检测手段、方法跟不上，缺少相应设备，达不到进口国的要求，从而限制和影响了水产品出口企业的发展。